Lagenaria属のヒョウタン近縁種が自生するのはアフリカ大陸のみなので、起源はアフリカと考えらる。 近縁のウリ科植物のうち系統的に最も近いのがスイカ(アフリカ起源)、続いて、キュウリ(インド起源)とカボチャ(中米起源)）がある。
ヒョウタンはアフリカ起源である可能性が高い。ただし、遺跡等で見つかるのはエジプトのピラミッドのみ。